Оплакванията от наличие на киста силно варират в зависимост от вида и големината на самата киста. Важно е да се знае, че е възможно наличие на кисти в яйчниците без каквито и да е било оплаквания и симптоми от страна на жената.
Като по-характерни оплаквания могат да се посочат:
- тежест ниско долу в малкия таз;
- тъпа болка;
- при някои видове кисти (например поликистоза, яйчникова дегенерация) може да се наруши физиологичния цикъл на яйчника като се блокира овулацията или тя стане нередовна;
- гадене, повръщане при събиране на течност в кистата.
Тези оплаквания са атипични и често могат да останат незабелязани или пренебрегнати от страна на жената или лекуващия лекар.

В голям процент от случаите оплакванията от кистите настъпват едва когато настъпят някакви усложнения. Тези усложнения могат да се дължат от една страна на големите размери и подвижността на кистите. Много често, когато се намират на яйчниковата повърхност, те са подвижни. Яйчниците имат образувание, наречено „краче” – мястото, от което влизат кръвоносните съдове хранещи яйчника. Когато поради някаква причина (голяма тежест на кистата или нейно завъртане) и „крачето” се усуче, съдовете се притискат и страда кръвоснабдяването на яйчника. Това предизвиква силната болка и в повечето случаи е показание за спешна хирургическа намеса и операция. Подобно „усукване” може да се случи при всички видове кисти. В такива случаи се наблюдава:
- остра режеща болка;
- гадене, повръщане;
- при тежки случаи се наблюдава и краткотрайна загуба на съзнание.
Друг вид усложнение е спукването на кистата. При това състояние може да се появи кървене в коремната кухина, което също изисква оперативна намеса.
Развитието на т.нар. „шоколадова киста” се съпровожда почти винаги с оплаквания. Жената изпитва болки ниско долу в корема. Болките са свързани и зависими от менструалния й цикъл, като се засилват преди менструация и стихват след нея. При спукване на кистата се развива картина на остър корем - спешно оперативно състояние, поради изливане на гъстото кистозно съдържимо в коремната кухина и последващо дразнене на перитонеума (коремната обвивка) и остро възпаление.