Както беше описано, по-голямата част от яйчниковите кисти протичат без наличие на специални симптоми и оплаквания. Откриват се случайно, по време на редовни гинекологични прегледи или прегледи по повод на други болестни състояния на женската полова система. В други случаи лекарят се посещава директно поради спешни или не толкова спешни оплаквания от страна на яйчниците. Важно при всички тези случаи с установена киста или поликистоза е правилното поставяне на диагнозата и разграничаване на видовете кисти. Това има значение основно за определяне на възможната еволюция на кистата и дали има злокачествено израждане в нея.

При един преглед на яйчниците е нужно да се определят следните особености на кистите:
- форма и повърхност на кистата – гладка/неравна, еднокамерна/многокамерна;
- състав и плътност на кистата – дали е пълна с течност, каква е консистенцията й, каква е гъстотата й, дали има твърди солидни участъци, какво е кръвоснабдяването й.
- размер на кистата;
За целта се използват следните медицински подходи и изследвания:
- подробно разпитване на пациентката - за наличие на оплаквания, продължителност на оплакванията, във връзка с какво се появяват;
- гинекологичен преглед – при него може да се установи нарастване размерите на единия или двата яйчника, както и да се опипат кисти;
- ултразвук (ехография) – това е най-информативният метод за изследване на яйчниците за кисти. Чрез него могат да се наблюдава разположението, големината, характеристиките на кистата, съотношението спрямо съседни органи. Използват се два вида ехография - коремна и трансвагинална.

- лапароскопия – това е оперативна процедура, при която се въвежда тънка камера в коремната кухина и с това се дава възможност да се огледа директно яйчника с кистата;
- кръвни тестове – при наличие на рак на яйчника се наблюдава завишение на конкретни туморни маркери, които са неспецифични и е възможно да бъдат повишени също така и при наличие на някои доброкачествени състояния (възпалителни заболявания, ендометриоза, миоми и др).
- компютърна томография, магнитен резонанс - те се прилагат при съмнение за злокачествен процес в яйчника.
