Циститът се среща много по-често при жената поради анатомичните особености на женската уретра (пикочен канал) - тя е с дължина само няколко сантиметра, права и сравнително широка, което позволява лесно попадане на микроорганизми през уретрата в пикочния мехур. Освен това се намира в непосредствена близост до влагалището и отвора на правото черво (ануса), които са нормално заселени с бактерии.
Въпреки че съществуват случаи на цистит, причинен от гъбична инфекция или вирус, в най-голям процент от случаите заболяването е причинено от някакъв вид бактерии от стомашно-чревния тракт, като основен такъв бактерий е Ешерихия коли.
Ешерихия коли нормално обитава дебелото черво без да причинява болестни процеси и аномалии. Бактерият вирее в топла и влажна среда, така че попадайки в отделителната система, по уретрата и в пикочния мехур, той започва да се размножава и се развива инфекция.
За разлика от женската, мъжката уретра е доста по-дълга, с няколко извивки и по-тънка, което възпрепятства попадането на бактерии до пикочния мехур на мъжа. По тази причина циститът при мъжете обикновено е резултат от наличие на появили се допълнителни предразполагащи фактори или заболяване.
